Fundamentalmente, es causada por el vertido de aguas cloacales urbanas. Cuando esto ocurre, captar agua del curso para beber puede resultar peligroso dado que, si existe contaminación por materia fecal, es posible que ella transporte agentes patógenos (organismos microscópicos como bacterias y virus ) que producen una variada gama de enfermedades humanas de transmisión hídrica: Hepatitis, Cólera, Fiebre Tifoidea, Disentería, etc.
El abastecimiento de agua potable a la población y el tratamiento de las aguas servidas, recogidas por las redes cloacales por parte de los servicios sanitarios, constituye una importante barrera de contención contra las epidemias de transmisión hídrica.
Los procesos de potabilización del agua para consumo humano destruyen casi totalmente a los patógenos, dado que en el proceso quedan retenidos en los decantadores, los filtros, o bien son destruidos o inactivados por la cloración.
Los servicios sanitarios cuentan con laboratorios en los que se realizan los controles sobre la calidad del agua de consumo y de las fuentes naturales de la misma (ríos, lagos, napas).
Los análisis que se efectúan rutinariamente para detectar contaminación biológica por materia fecal, se basan en el hallazgo de ciertas bacterias que normalmente habitan el tracto digestivo humano. Estas bacterias denominadas bacterias coliformes, solo se desarrollan dentro del tubo digestivo, o en medios de cultivos de laboratorio en condiciones controladas. Liberadas a los ríos o lagos sobreviven poco tiempo, por lo que, si se toma una muestra de agua de esos lugares y se verifica que había bacterias coliformes vivas, es señal de que hubo contaminación por materia fecal reciente.
Las bacterias coliformes no son patógenas y forman parte de la flora bacteriana normal del intestino humano, pero al ser liberadas en grandes cantidades con los excrementos, son fácilmente encontradas e identificadas, razón por la cual se las ha elegido como organismos indicadores de contaminación por materia fecal.
Junto con las bacterias coliformes, pudieron llegar también organismos patógenos peligrosos para la salud humana, pero que al encontrarse a veces y en poca cantidad, se hace muy difícil detección. El hecho de encontrar bacterias coliformes en las muestras de agua alerta sobre la posible presencia de organismos patógenos.
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